A morte mais famosa a ter acontecido no Palácio do Catete foi o suicídio do presidente Getúlio Vargas, em agosto de 1954. Mas não foi a primeira. Em 14 de junho de 1909, o então presidente Afonso Pena faleceu no palácio, em decorrência de uma pneumonia cujos primeiros sintomas apareceram em maio. Na época, se dizia que a saúde do presidente piorara devido a um “traumatismo moral” causado pela recente morte de seu filho Álvaro e por um desentendimento havido com seu ministro da Guerra, o marechal Hermes da Fonseca, que pedira demissão do cargo para disputar a sucessão presidencial. Afonso Pena tinha 71 anos de idade.

O velório de Afonso Pena aconteceu na sala da Capela, no segundo pavimento do Palácio do Catete. Lá foi montada uma “câmara ardente”, como era chamada antigamente a sala onde se velava um corpo, em geral forrada por panos pretos e iluminada por velas e tochas. O vice presidente Nilo Peçanha compareceu ao palácio já efetivado como substituto de Afonso Pena. A princípio, a visita à câmara ardente seria restrita aos políticos e demais autoridades. Porém, diante da aglomeração popular, a entrada do público foi permitida por algumas horas antes do fechamento do caixão. Para muitas pessoas, foi uma oportunidade incomum de entrar no Palácio do Catete. Um único incidente foi registrado nesse dia: o jurista Rui Barbosa ficou preso por algum tempo no elevador do Palácio, até ser retirado de lá.

Com todas as minúcias típicas do estilo jornalístico da época, o Correio da Manhã de 17 de junho de 1909 assim descreveu a aparência do jardim do Palácio do Catete, no dia do velório de Afonso Pena:

“Pelos tabuleiros verdes de grama, pelas curvas brancas dos caminhos, as coroas, as grinaldas e os andores se espalhavam, cobertos de crepe e carregados de fitas.

Aquelas aléias calmas, sítio, outrora, de repouso, nas horas de meditação do amado velhinho, com aquele aparato fúnebre de coroas e grinaldas dispersas, lembravam um campo de muitos mortos, de muitos túmulos, visitados por uma multidão, uma romaria triste e piedosa.”

Na tarde do dia 16 de junho de 1909, o cortejo fúnebre saiu do Catete até o cemitério São João Batista, onde Afonso Pena foi sepultado. Em 2009, os restos mortais do ex-presidente foram transferidos para a sua cidade natal, Santa Bárbara (MG).